Los historiadores más antiguos del Reino de Navarra no aluden al suceso de la aparición de San Miguel a Teodosio de Goñi como origen del santuario de Aralar. Este argumento cobra cuerpo en la Edad Moderna. La obra que más enfatiza este origen es la del padre Tomás de Burgui (1774) que aporta detalles minuciosos sobre el suceso. Un siglo más tarde, el novelista Francisco Navarro Villoslada recrea la situación con todo el lujo romántico en su célebre novela “Amaya o los vascos en el siglo octavo”.
Julio Caro Baroja deslinda completamente el contenido de la leyenda y la realidad histórica y resalta el valor de aquélla como producto del alma popular de Navarra. “Al subir una tarde de otoño de las cendeas de Olza y Ollo al valle de Goñi y llegar a «Errotavidea»-escribe Caro Baroja- he vuelto a sentir la tragedia de don Teodosio, que no existió carnalmente en la época del rey Witiza, ni acaso en ninguna otra, pero que ha vivido en el alma de generaciones y generaciones hasta convertirse, y no poco por fuerza del escrito de un fraile del siglo XVIII, y más aún de una novela de un escritor romántico y tradicionalista del XIX, en figura popular en la Navarra del XX, en héroe casi “nacional”, dando a esta palabra el significado que antiguamente se le daba».
El protagonista de la leyenda es Teodosio, un caballero navarro que vivió en tiempos del rey Witiza, en el siglo octavo. Descendiente del linaje de los Goñi, al casar con doña Constanza de Butrón y Vianda, pasó de vivir en la casa de sus padres o palacio viejo, a la casa de su esposa llamada Larrañarenetxea (casa de la era), ambas en el pueblo de Goñi, una pequeña localidad enclavada en las montañas que separan el valle del Araquil de la cuenca de Pamplona y de la tierra de Estella, dominando desde una alta ladera –Goñi, en euskera significa en lo alto- un paisaje compartido por los bosques y los campos de labor.
Eran tiempos de guerra en que los pueblos del norte de la península ibérica se defendían de la invasión musulmana, y Teodosio hubo de abandonar su casa y marchar a la guerra. Tras una larga ausencia pudo volver a su valle natal y poco antes de avistar su pueblo, en el término conocido como Errotabidea (camino del molino, en euskera) se cruzó en el camino con un peregrino, que en realidad era el demonio disfrazado, quien le dijo que su esposa Constanza le era infiel con un criado y que éste compartía con ella el lecho en la casa conyugal.
Ciego de ira por esta afrenta, Teodosio llegó a su casa, entró en su dormitorio y entrevió dos cuerpos que yacían en la cama. Seguro de su deshonra, sacó su espada y arremetió contra ellos una y otra vez con todas sus fuerzas, hasta que sus manos se cubrieron de sangre. Salió de la casa y, con gran estupor, vio en la plaza a su esposa Constanza, que regresaba de la iglesia. La alegría que ésta demostró por el regreso de su marido se convirtió pronto en horror y desolación de ambos al comprobar que a quienes había asesinado Teodosio era a sus propios padres, a los cuales Constanza había invitado a vivir en su casa durante la ausencia de Teodosio.
Teodosio confesó su horrendo crimen al párroco Juan de Vergara y al obispo de Pamplona, Marcial, quien le ordenó que fuera a Roma como peregrino para solicitar la absolución del Papa Juan VII. Éste le impuso la penitencia de vivir fuera de toda población, llevando una gruesa cadena ceñida al cuello y a la cintura y una cruz de madera a cuestas, hasta el día en que, por el desgaste, la cadena quedara rota.
Vagó Teodosio por los montes de Hayedo, Andía y posteriormente de Aralar durante siete largos años. Un día del año 714, se encontraba en una de las cumbres de esta sierra, próximo, sin saberlo, a la boca de una sima en cuyas profundidades, según los vecinos del lugar, vivía un dragón que mataba personas y ganados fulminándolos con su lengua de fuego. Repentinamente el monstruo surgió de la caverna y Teodosio se encomendó a San Miguel. El arcángel descendió del cielo dentro de un gran resplandor, portando sobre su cabeza una cruz, aniquiló al dragón y rompió las cadenas de Teodosio.
Liberado de su penitencia, Teodosio volvió a Goñi y tras abrazar a su esposa y a su hijo Miguel, regresó posteriormente a la cumbre de Aralar, donde consagró el resto de su vida al culto a San Miguel, construyendo un templo en su honor.
La tradición popular que surge a consecuencia de la leyenda mantiene que la efigie de madera del Arcángel –hoy recubierta de plata sobredorada- que se venera actualmente en el Santuario, fue dejada por San Miguel en su aparición. También mantiene esta tradición que las cadenas que permanecen colgadas en el exterior de la capilla son las que llevó Teodosio hasta su liberación y que el conjunto del Santuario está levantado sobre la propia sima donde moraba el dragón aniquilado, que únicamente se comunica con el templo, a través de un pequeño hueco existente a la derecha del altar de la capilla interior, por donde los visitantes tienen costumbre de asomar la cabeza o echar monedas para comprobar, a través de los sucesivos golpes que da en las rocas al caer, la gran profundidad de la sima.
La Santa Cofradía del Santuario de San Miguel de Excelsis es una institución casi milenaria que ha tenido siempre por finalidad expandir y consolidar la devoción del Arcángel San Miguel entre poblaciones tanto próximas como alejadas de la sierra de Aralar, y al mismo tiempo conseguir unos medios económicos para mantener el culto en el santuario.
La Santa Hermandad de San Miguel de Excelsis es una institución, en buena medida paralela a la Cofradía, que ha tenido por finalidad garantizar la asistencia a los portadores de la efigie de San Miguel en los recorridos realizados por Navarra.