Especies de elevado interés:
- Tritón alpino (Triturus alpestris), sólo en zonas altas de Aralar y Urbasa Andía. En pequeñas regatas de la zona de pastos del Realengo y en la balsa de Unakopuntzua. Efectivos muy escasos.
- Rana ágil (Rana dalmatina). En robledales de Sakana y hayedos de la vertiente meridional de Aralar.
- Quebrantahuesos (Gypaetus barbatus). No tiene presencia regular en la zona pero después de haber desaparecido como nidificante a principios del siglo XX, sobre todo en invierno, es frecuente su observación en la zona de Malloas, por lo que resulñta posible su recolonización.
- Alimoche (Neophron percnopterus). Especie carroñera y migradora con una población nidificante de 3-4 parejas, en los acantilados de las Malloas y en la ladera meridional entre Lakuntza e Irañeta.
- Buitre leonado (Gyps fulvus). Especie característica de la sierra con una población de unas 50 parejas, la mitad en el acantilado de las Malloas en términos de Gaintza, Uztegi y Azkarate y la otra mitad en los farallones rocosos de Lakuntza, Uharte Arakil, Irañeta y Ihabar. Su población ha aumentado significativamente en los últimos años como en el resto de Navarra.
- Aguila real (Aquila chrysaetos). Una pareja de reciente instalación se mantiene en los acantilados de la Malloas.
- Halcón peregrino. (Falco peregrinus). Rapaz visible en las zonas despejadas, con poblacion nidificante de 2-4 parejas entre los acantilados de Malloas y Sakana.
- Pito negro (Dryocupos martius)o pájaro carpintero.
- Bisbita Alpino (Anthus spinoletta). Especie característica de los pastizales montanos de Aralar, con población considerable que vive en altitudes menores que lo que es normal en el Pirineo.
- Acentor alpino (Prunella collaris). En las cumbres más altas de la sierra (1200 -1400) lo que constituye una singularidad pues en el Pirineo vive por encima de 1700.
- Agateador norteño (Certhia familiaris). En hayedos de la parte alta.
- Chova piquigualda (Pyrrhocorax graculus). Cría en simas y grietas de acantilados en las zonas altas, siendo más abundante en Malloas. Son frecuentes bandos mixtos con Pyrrhocorax pyrrhocorax en los pastizales montanos.
- Verderón Serrano (Serinus citrinella). Ausente hasta los años 60, colonizó la sierra como otras altitudes similares de forma espontánea.
- Ratita nival (Microtus nivalis) Vive en roquedos con sustrato rocoso a más de 1000 m.
- Lobo (Canis lupus). Desaparecido de la sierra a finales del siglo XIX, recientemente ha habido incursiones que han causado bajas en los rebaños ovinos de Navarra y con más importancia en Gipuzkoa.
- Corzo (Capreolus capreolus) Población escasa pero regular en la zona meridional.
Areas de interés faunístico:
- Conjunto de roquedos de la zona de Balerdi. Fauna rupícola.
- Conjunto de roquedos de Gaintza, zona baja de Malloas. Fauna rupícola.
- Roquedos de Intza. Zona baja. Fauna rupícola.
- Roquedos de Aixkarate, en términos de Errazkin y Betelu. De interés por su fauna rupícola.
- Zona de altas cumbres de las Malloas. De interés las especies Pyrrhocorax graculus, Prunella collaris, Anthus spinoletta y Microtus nivalis.
- Unakopuntzua y regatas de los rasos del Realengo. De interés, la reproducción de anfibios y en especial Trituris alpestris.
- Conjunto de roquedos de Lakuntza en la ladera meridional. Fauna rupícola.
- Roquedos de Uharte Arakil. Fauna rupícola
- Acantilados de Madalenaitz, términos de Irañeta y Ihabar. Fauna rupícola.