En la noche del 25 al 26 de octubre de 1979, una banda de ladrones a las órdenes del famoso traficante de arte internacional Erik “el belga” perpetró el robo del frontal de esmaltes. Varias personas, que se quedaron por la tarde escondidas en los confesonarios del templo, procedieron durante la noche a forzar la urna de cristal, colocada en 1965, que protegía el frontal de esmaltes y a arrancar de su soporte de madera, una por una, las 39 piezas esmaltadas, así como algunas columnas y arcos de la decoración complementaria.
El robo produjo la desolación de los guardianes del santuario y una profunda tristeza en los amantes del santuario y en la sociedad en general. Las autoridades de Navarra se movilizaron para averiguar cualquier pista que pudiera conducir a la recuperación de la principal joya artística de Aralar. Los expertos policiales en robos de arte trazaron la hipótesis de que los autores podrían pertenecer a una banda internacional y que muy probablemente habrían cruzado la frontera francesa, a fin de eludir a la policía española, en la misma noche del robo.
La Institución Príncipe de Viana, órgano cultural de la Diputación Foral de Navarra, dirigida por el arquitecto Fernando Redón, elaboró en 1980, un dossier documental sobre el retablo robado, con numerosas fotografías de sus piezas y detalles, con textos en español y en inglés (The robbery of the Retable of San Miguel de Excelsis in Navarre) que fue distribuido, a través de Interpol, por las oficinas policiales de más de 20 países, aquellos en los que más acentuado era el tráfico ilegal de obras de arte antiguo.
Los primeros frutos de las pesquisas realizadas se tuvieron el 5 de marzo de 1981. La policía francesa aprehendió en París 20 piezas, de pequeño porte, del retablo. Se las requisó al ciudadano español Carlos Paz Ibaseta mientras las introducía en su coche. Su detención propició también las de José Antonio Ponz Gómez e Ignacio Rodríguez Flores, anticuario madrileño. Comprobada su autenticidad, las piezas – las cuatro figuras pequeñas de la parte superior y 16 medallones de los 18 que coronan el retablo- fueron traídas al Museo de Navarra el 26 de mayo de 1981 por el diputado foral de Cultura, Jesús Malón. El hallazgo abrió una puerta de optimismo de cara a la recuperación total del frontal esmaltado.
El 11 de julio del mismo año, se conoció la operación policial conjunta de las policías italiana y española que concluyó con la recuperación de las principales piezas del retablo y la detención de varios miembros de la banda denominada “clan de los marselleses”.
Los esmaltes fueron entregados a la embajada de España en Roma y desde allí llegaron por vía aérea a Madrid el día 20 de noviembre. Allí los recibió el ministro de Cultura, Iñigo Cavero, y en el mismo aeropuerto de Barajas, se los entregó al presidente de la Diputación Foral de Navarra, Juan Manuel Arza, que en las mismas tres maletas rojas en que habían llegado desde Roma, los trasladó en el portón de su coche oficial hasta el Museo de Navarra. En los días siguientes, una multitud de ciudadanos pasaron por la sala 31 del Museo de Navarra, donde se expusieron provisionalmente las joyas rescatadas: 15 esmaltes – la mandorla central de Santa María del Sagrario, los cuatro símbolos evangélicos, cinco apóstoles, dos reyes magos, las dos piezas de la Anunciación y la figura del rey donante- y 16 columnillas. Restaban para completar el conjunto únicamente dos esmaltes –un apóstol y un rey mago- y dos medallones circulares.
En los meses siguientes, tras la detención en Barcelona, el 28 de enero de 1982 de Eric “el Belga” traficante internacional de arte , las pistas para encontrar las piezas restantes conducen hacia la ciudad belga de Gante. La Embajada de España en Bélgica recupera el esmalte que representa a un apóstol el 8 de marzo y el 9 de junio del mismo año es entregada a la Diputación Foral en Madrid. En abril de 1986 se consigue recuperar la única figura restante, un rey mago, encontrado en la localidad francesa de Montpellier.
Tras la recuperación de la mayor parte de las piezas, se llevó a cabo una completa restauración en el Museo de Navarra, y antes de que el frontal regresara al santuario, se celebró una exposición sobre esmaltes medievales de Navarra en la que el retablo era la principal pieza. Se exhibió en Madrid (exposición inaugural de la sala de exposiciones de la Caja de Ahorros de Navarra) en abril de 1982, y en los meses siguientes, en Pamplona y en Tudela.
Concluida la restauración, el retablo se expuso de nuevo en el Museo de Navarra entre el 26 de marzo y el 7 de abril de 1991 y el 20 de mayo del mismo año, quedó definitivamente instalado en el Santuario. El consejero de Cultura del Gobierno de Navarra, Román Felones, el delegado del Arzobispado para el Arte Sacro, Jesús María Omeñaca y el ministro del Santuario, Inocencio Ayerbe, junto a representantes municipales de Uharte Arakil, asistieron aquel día satisfechos al sencillo acto de entrega y reposición en el santuario de su principal elemento de culto: el retablo esmaltado de Santa María, obra maestra de la esmaltería medieval, construido como frontal de altar en el siglo XII.
Los huecos que en el retablo denuncian actualmente la ausencia de dos medallones y seis pequeños tramos de arquería dorada -las únicas piezas no recobradas- son la huella, afortunadamente mínima, de los avatares sufridos por este magnífico frontal entre 1979 y 1982, que mantuvieron en vilo a los amantes del santuario y del arte de Navarra y que sirvieron para que esta auténtica joya, que hoy puede contemplarse tras un sólido cristal blindado, sea valorada y apreciada en su justa medida.
El 30 de diciembre de 1996, el Gobierno de Navarra, mediante Decreto Foral, declaró al frontal de esmaltes románico del santuario de San Miguel de Aralar, Bien de Interés Cultural, por constituir una de las obras más importantes de la esmaltería medieval europea.