1032. El rey de Navarra Sancho Garcés, Sancho III el Mayor, concede un privilegio sobre la restauración de la diócesis de Pamplona, en el que aparece citado por primera vez documentalmente el santuario de Aralar como iglesia dependiente de Santa María de Zamarce, uno de los puntos de la antigua ruta jacobea que atravesaba la Barranca. El santuario inicial –templo carolingio- parece datar del siglo IX y habría sido destruido en una incursión árabe, quizás en 924.
1040. El rey de Navarra García Sánchez de Nájera y su esposa Estefanía, hacen una donación al santuario dedicada “al culto de Santa María siempre Virgen y de los santos, santas, apóstoles, mártires, confesores y vírgenes cuyas reliquias estaban allí colocadas”. Donan el monasterio de Aguinarte y las villas de Muztillano y Berroeta. El rey Sancho Ramírez (1076-1094) confirma las donaciones anteriores y dona al santuario un monasterio de Araquil llamado Allazozábal.
1074. Esta fecha es considerada por distintos autores como la de la consagración del nuevo templo románico, consistente en la cabecera del actual y formado por tres naves. El rey Sancho IV de Peñalén, que ya había donado anteriormente quince majadas en los montes de Aralar y en otros lugares, confirma en esta fecha al santuario, todavía dependiente de Zamarce, todas sus propiedades, “en el día de su consagración”.
D. Ramiro, infante real de Navarra, hijo segundo de García de Nájera y hermano de Sancho de Peñalén, se emplea en guerra en Tierra Santa y participa en la conquista de Jerusalén en 1099. Trae a Navarra un brazo de la Cruz de Cristo. Acude en persona a Aralar y deja allí un fragmento del Lignum Crucis, además de donaciones en vicarías, rentas y diezmos. La cruz se conserva varios siglos en el sagrario, engalanada en plata, dentro de una caja de marfil y en 1756 se integra en la efigie de San Miguel.
1087. El rey Sancho Ramírez y su hijo Pedro Sánchez reconocen al obispo de Pamplona distintos bienes entre los que se mencionan el monasterio de Zamarce con su iglesia de San Miguel del Monte Excelso y las villas de San Miguel de Excelsis.
A finales del siglo XI, reinando Sancho Ramírez y siendo obispo de Pamplona Pedro de Roda, el caballero García de Arnalt de Goñi se ausenta de su casa y se dedica al culto de San Miguel como ermitaño. Con las limosnas recibidas levanta el templo, según se recoge en el “Libro de los Milagros”.
1098. Fecha considerada por algunos autores como la de la consagración de la iglesia, en cuya ceremonia participaron siete obispos. Tomás de Burgui supone que serían los de los estados del rey Pedro Sánchez: Pamplona, Jaca, Burdeos, Calahorra, Nájera, Huesca, Santiago, o quizás los de Marsella y Arlés. Se supone que la ceremonia fue a comienzos de septiembre ya que en el primer domingo de este mes se celebraba hasta tiempo reciente la fiesta de la dedicación.
1099. Pedro Sánchez, Rey de Navarra y Aragón muestra su generosidad con el santuario tras su milagrosa curación. En su obra “Compendio” Esteban de Garibay y Zamalloa afirma “ subió a pie esta sierra, con unas alforjas a cuestas, cargadas de arena, para la fábrica de la obra del santuario, quando sanó milagrosamente una noche en esta iglesia de cierta enfermedad, según natura, incurable, habiendo experimentado el favor del príncipe celestial”. En febrero de 1099 dona a Dios y a San Miguel el lugar de Murguinto, y en 1103, la villa de Arguindoain (Arakil) y dos monasterios que había en su territorio, Santo Thomás de Mendibezua e Izaga.
1125. Alfonso el Batallador exime de servidumbres reales a los collazos de San Miguel para que sólo sirvieran al santuario.
1130. El rey de Navarra Alonso Sánchez el Batallador dona al santuario posesiones en Tudela y cerca del Moncayo, y desde Gallur hasta Cadreita.
1141. Año posible de la consagración del templo en su actual estructura: tres naves de tres tramos y nartex. El rey de Navarra García Ramírez realiza donaciones al santuario “a favor de San Miguel, en la dedicación de esta iglesia”. A partir de esta fecha se establece una comunidad monástica.
1167. Se construye el edificio adosado al sur del santuario, que será más tarde, sede de la cofradía de San Miguel.
1175. Hacia este año se construye el retablo o frontal de esmaltes, que parece obedecer a un encargo del rey Sancho VI el Sabio y del obispo Pedro de París para distinguir al santuario. Sus autores serían un equipo de orfebres y esmaltadores procedentes de Limoges que realizaron su obra en Navarra.
1229. El obispo de Pamplona Pedro Ramírez de Piérola aprueba los estatutos de la Cofradía de San Miguel. Dona a la Cofradía su casa, aneja a la iglesia, bajo la condición de que el obispo de Pamplona sea cabeza y rector de la misma.
1368. El Obispo Bernardo Folcaut señala en un edicto el gran número de cofrades con que cuenta la Cofradía de San Miguel, que llegan a 40.000 y tienen 20 clérigos a su servicio.
1620. Robo frustrado en el santuario. Tres ladrones que entran a robar quedan inmóviles dentro de la iglesia y son aprehendidos.
1687. Robo de la imagen por Manuel González y Juan de Jáuregui. Uno fue ahorcado y el otro condenado a cadena perpetua.
1756. La efigie de San Miguel, tallada en madera, se coloca en el estuche de plata sobredorada con que hoy la conocemos, situando en su parte superior, el fragmento del Lignum Crucis con que cuenta el santuario desde finales del siglo XI.
1765. El retablo esmaltado de Aralar, que fue, desde su realización, a finales del siglo XII, frontal de altar de la capilla interior, es trasladado a Pamplona para su limpieza y recomposición, tras lo cual se coloca en el altar principal del santuario.
1797. Robo perpetrado en el santuario por siete carboneros vascofranceses. Maniataron a los servidores y robaron cuanto pudieron, incluida la efigie de San Miguel, que rompieron en tres trozos. Fueron apresados y tres de ellos ajusticiados en la horca en Pamplona.
1799. La Capilla de Música de la Catedral actúa en el santuario en el día de las cofradías, tradicional concentración que se celebraba en agosto, el domingo siguiente a la Asunción (día 15).
1865. El experto en antigüedades artísticas, Pedro de Madrazo y Kuntz visita el santuario y admira el retablo de esmaltes. Da cuenta de él en dos publicaciones y divulga la existencia de esta joya en los círculos artísticos e históricos, por lo que a partir de entonces empieza a ser valorada como una obra maestra de la orfebrería medieval.
1884. El rey de España Alfonso XII, que tomaba aguas en el balneario de Betelu, sube desde Lekunberri al santuario, el 2 de agosto, en una caballería ofrecida por Vicente Astiz, vecino de Lekunberri. Le acompañan el Ministro de la Guerra, General Quesada, su ayudante el duque de Sexto y su médico de cabecera, Dr. Camisón.
1889. Una gran peregrinación organizada por la Diócesis de Pamplona, formada por más de 15.000 fieles de la capital y de otras localidades llega el 3 de junio hasta el santuario para conmemorar el XIII centenario de la unidad católica de España (conversión de Recaredo, 589).
1899. El 25 de agosto, una segunda gran peregrinación, con motivo de conmemorar el final del siglo XIX, tiene como escenario el santuario de Aralar. Se congregan cerca de 20.000 personas. Un total de 47 cruces parroquiales procedentes de los valles próximos de la Barranca, Larraun y Araiz se concentran en las celebraciones.
1902. El 18 de agosto visita el santuario el rey de España Alfonso XIII. Sube a pie desde Uharte Arakil.
1909. En septiembre sube al santuario el escritor y pensador Miguel de Unamuno, quien relata su experiencia en un artículo incluido en su obra “Por tierras de Portugal y de España”.
1925. A través de un aparato electrógeno, llega la luz eléctrica al santuario de Aralar, posteriormente asegurada mediante el trazado de una línea fija. También este año se instala el segundo teléfono en el santuario.
1931. El santuario de Aralar es declarado el 4 de junio, Monumento Histórico-Artístico perteneciente al Tesoro Artístico Nacional, por Decreto del Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes de la República Española.
1936. Llega al santuario el primer automóvil. El 12 de enero, un coche –oruga, matrícula SS 7945, vence la dificultad de inexistencia de carretera y recorre todo el camino hasta alcanzar el santuario.
1942. Un pavoroso incendio destruye totalmente la hospedería del santuario. La diligente actuación de los habitantes del santuario y de los vecinos de Uharte Arakil y otros pueblosevita que el fuero afecte al templo.
1942-1972. La casa de Deierri o Lakuntzetxe es utilizada para servicio del Santuario mientras se construye la nueva hospedería.
1965. En septiembre se inaugura la carretera de acceso al santuario desde la Casa Forestal (término de Bustingorrieta). El acceso hasta este punto desde Baraibar, en el valle de Larraun, se había construido en 1949.
1966. La Diputación Foral de Navarra acuerda construir la nueva hospedería del Santuario con zonas de hospedaje, bar y refugio abierto.
Se encomienda el proyecto al arquitecto José Luis Cía, con la ayuda de Julián Arteaga. Las obras se inician en 1968 y concluyen en septiembre de 1972.
1972. La Institución Príncipe de Viana de la Diputación Foral de Navarra, bajo la dirección de Francisco Iñiguez Almech, acomete la restauración general del monumento, que comprende la reconstrucción del cimborrio octogonal.
1979. Una banda de ladrones dirigida por el delincuente internacional “Erik el belga” arranca y roba todas las piezas del retablo de esmaltes.
1981. Tras difundir, a través de Interpol, un dossier con las características precisas de los esmaltes de Aralar, aparecen éstos en distintas localizaciones: París, Roma y Gante.
1982. Se abre la carretera que comunica directamente Uharte Arakil con el santuario.
1991. El 20 de mayo vuelve a colocarse en el santuario, con las debidas medidas de seguridad, el frontal de esmaltes de Aralar.
1996. El 30 de diciembre, el Gobierno de Navarra, mediante Decreto Foral, declara Bien de Interés Cultural al frontal de esmaltes románico del santuario de San Miguel de Aralar, por constituir una de las obras más importantes de la esmaltería medieval europea.
1997. El Gobierno de Navarra realiza la última restauración del monumento, remozando el tejado, limpiando de escombros el sobretecho e instalando calefacción bajo el suelo, trabajos que duran 10 meses y son dirigidos por el arquitecto Javier Sancho.
2001. Fallece D. Inocencio Ayerbe, capellán del santuario desde 1945.
2002. Se inician las obras de remodelación de la hospedería para su uso como restaurante y cafetería.